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Thomas Böhmer

• The structure of the nuclear pore complex (NPC) is based on the arrangement of nucleoporin (Nup)-subcomplexes around its 2- and 8-fold axes of symmetry. Here I show that RNAi-based depletion of human Nup107 prevented the assembly of several peripheral Nups into the NPC. This suggests that its subcomplex, the conserved Nup107-160 subcomplex, functions as a keystone in NPC assembly. Of all tested Nup107-160 subcomplex members, only Nup133 failed to assemble into Nup107-deficient NPCs, thus confirming the dependence of Nup133 on Nup107 for its integration revealed by vitro binding assays and in vivo studies using EGFP-tagged mutants. Further experiments led to the identification of the domains critical for their interaction and the crystallization of a Nup107-133 dimer. Moreover, I developed an assay to analyze the cell-cycle-dependent phosphorylation of Nup107-160 subcomplex members and subsequently identify the specific phosphorylation sites by tandem mass spectrometry.
• Die Struktur des Kernporenkomplexes (NPC) beruht auf der Anordnung seiner Proteinkomponenten (Nups) entlang seiner 2- und 8-fachen Symmetrieachsen. Hier wird gezeigt, dass die RNAi-basierte Entfernung von Nup107 den Einbau mehrerer peripherer Nups in den NPC verhindert. Dies deutet darauf hin, dass der konservierte Nup107-160 Komplex einen zentralen NPC-Baustein darstellt. Von den Mitgliedern des Nup107-160 Komplexes ist nur Nup133 von der Entfernung von Nup107 betroffen. Dies steht in Einklang mit in vitro und in vivo Experimenten, die die Abhängigkeit Nup133's von Nup107 für seinen Einbau in den NPC zeigen. Zusätzlich konnten die Domänen bestimmt werden, die für die Bindung zwischen Nup107 und Nup133 verantwortlich sind, und ein Komplex aus beiden Proteinen kristallisiert werden. Zuletzt wurde eine Methode entwickelt, um die Zellzyklus-spezifische Phosphorylierung des Nup107-160 Komplexes zu untersuchen und Phosphorylierungsstellen mittels Massenspektroskopie zu identifizieren.